U davna vremena, kada se Krim pridružio Rusiji, sadašnja Odeska eparhija se zvala Jekaterinoslavska i Hersonsko-Tauridna. Godine 1837. ova ogromna teritorija podijeljena je na dvije regije, od kojih je jedna uključivala grad Odesu. Eparhija je postala poznata kao Hersonsko-Odeska.
1991. godine, kada je Herson postao nezavisna biskupija, formirana je Odeska i Izmailska biskupija. Jedna od istorijskih ličnosti je mitropolit Gavrilo, koji je jedan od prvih osvetio temelje Odese i, uzevši tri kamena, položio ih u temelje tri crkve u gradu. Njegovim trudom stvoren je manastir u Južnoj Palmiri, koji je otvoren nakon Vladikine smrti.
Nadbiskupi koji su postali legenda
U gradu je 1838. godine, uz pomoć drugog arhipastira, otvorena bogoslovija. Na cijeloj teritoriji Novorosijsk postao je lider među takvim ustanovama. Eparhija Odeska nije bogata samo crkvama i manastirima. Iz istorije regiona izdvaja se takva ličnost kao sveti Inokentije (Borisov), koji je nazvan Ruski Zlatoust. Sveti Inokentije je morao da služi u najteže vreme za Odesuvrijeme. Postojao je Krimski rat 1853-1857. Grad je dva puta bio pod pretnjom potpunog uništenja, ali zajednička molitva pred Kasperskom ikonom Majke Božije, koju je organizovao otac Inokentije, spasila je grad i njegove stanovnike od neizbežne smrti.
Prije sto godina, 1917. godine, nastupila su teška vremena u Rusiji, Ukrajini i drugim mjestima kada su neprijatelji napadali crkve, sveštenstvo i manastire. Nije prošla ova sudbina ni Odeske biskupije. Godine 1919. zatvorena je bogoslovija, a mitropolit odesko-hersonski je bio prisiljen napustiti svoju domovinu. Pravoslavnu eparhiju zauzeli su obnovitelji-šizmatici.
Samo mala crkva u luci, osvećena u čast Svetog Nikole, ostala je vjerna Patrijarhu Tihonu. U njemu je služio divni pastir, svjetiljka vjere i pobožnosti, Iona Atamanski. Zahvaljujući njemu, u Odesi je sačuvano pravoslavlje. Obnovitelji su izdržali do 1944. godine, a tek kada je grad oslobođen od osvajača, Odeska biskupija je nastavila istinsko služenje Gospodu.
Progon pravoslavlja
Tokom godina sovjetskog bezbožništva, Odeska eparhija je bila mjesto gdje je počivao Patrijarh moskovski. Zatim je tu služio arhiepiskop Nikon, koji je obnovio i popravio većinu gradskih crkava i obnovio manastir. Zbog činjenice da je Odesa služila kao ljetna rezidencija Patrijarha, ovdje su se stalno okupljali poglavari Ruske pravoslavne crkve. Sovjetske vlasti su bile prisiljene da budu lojalne Odeskoj biskupiji. Bilo joj je teško u godinama Hruščovljevog progona, čak su i u Odesi crkve i manastiri bili zatvoreni. Mitropolit ondabio je otac Boris (Vik), koji je nekim čudom uspeo da spase Uspenski hram i Bogosloviju.
Biskupija danas
Međutim, napadi na pravoslavlje nisu prestali, a raspadom SSSR-a mitropolit Filaret je započeo raskolnički pokret protiv crkava. Uspio je izvršiti pritisak na sveštenstvo Ukrajine i neke od njih odvesti u raskol. Dolaskom mitropolita Agafangela u Odesu, crkveni život je počeo da se poboljšava i oživljava. Danas su crkve Odeske biskupije ukras i duhovni centar grada.