Formiranje grada Tomska počelo je davne 1604. godine izgradnjom tvrđave u blizini rijeke Tom. Sam Boris Godunov je blagoslovio izgradnju novog grada i poslao sliku Presvetog Trojstva u čast toga. U centru budućeg grada Tomska počela je izgradnja nove crkve. I od tog trenutka počinje da raste i razvija se pravoslavni život građana. U Tomsku se grade brojni hramovi, kapele i crkve.
Crkva Svete Trojice
Više od 150 godina na Voskresenskoj brdu stoji osvećena zgrada Trojice. Podignut je i osvijetljen 1844.
Teških četrdesetih godina prošlog veka, pozadinske crkve su se prenosile iz ruke u ruku. Tu je prvo 1939. godine bila smještena garaža, a nešto kasnije pekara lokalne pekare. Nakon završetka rata, 1945. godine, hram je vraćen vjernicima, a u februaru 1946. godine crkva je ponovo osvećena. Radovi na restauraciji Trojice crkve u Tomsku izvedeni su o trošku parohijana. Crkva radi do danas, radiNedjeljna škola i biblioteka.
Crkva Vaskrsenja
Među crkvama u Tomsku, ova je jedna od najstarijih. Praktično je iste godine kao i grad. U početku je na teritoriji manastira podignuta crkva brvnara 1644. godine. Godine 1789. postavljen je temelj nove crkve na dva sprata. Po završetku izgradnje nove zgrade, stara crkva brvnara je po pravoslavnom običaju spaljena i razbacana na vetar. Kao i mnoge crkve u Tomsku, u drugoj polovini 30-ih godina prošlog veka hram je zatvoren, a tek 1995. godine ponovo je osvećen i pravoslavni vernici su ponovo mogli da prisustvuju bogosluženjima.
Znamenskaya crkva
Crkva je dobila ime po ikoni Bogorodice "Znak". U početku je to bio jednostavan drveni hram sagrađen u 17. veku. Gradnja kamenog hrama počela je 1784. godine o trošku plemstva Kačalova, potomaka Ivana Kačalova, koji se smatra osnivačem crkve. Godine 1935. crkva je uništena i obnovljena tek 1992. godine o trošku parohijana.
Crkva Petra i Pavla
Na jednom od brežuljaka koji se spuštaju u poplavnu ravnicu rijeke Ushaika, poznatom među mještanima kao Mukhin Hilllock, nekada su bili krst i kapela. Kasnije je na ovom mjestu podignuta katedrala Petra i Pavla. Crkva je osvećena 1911. 1938. godine službe su obustavljene, a na teritoriji crkve nalazilo se skladište destilerije. Ali već 1945. godine crkva se vratila svojoj uobičajenoj rutini. Crkva Petra i Pavla jedna je od rijetkih crkava u Tomsku koja je nastavila primati parohijane u periodu od 50-ih do 90-ih godinagodine XX veka.
Kućna crkva u ime Svetog Nikole Čudotvorca
Početkom 90-ih godina, na bazi psihijatrijske bolnice, izgrađena je i osvetljena jedna od crkava u gradu Tomsku, koja nosi ime Svetog Nikole Čudotvorca. U početku je izgrađen prema određenom konceptu, odnosno interakciji duhovnih sila Gospodnjih i ljekovitih sredstava medicine u pomoći duševno bolesnima. Međutim, ideološka strana je izgubljena 1920. godine, kada je crkva zatvorena. Krajem 1990-ih ponovo se pojavila ideja o otvaranju crkve u bolnici. Od 2003. godine ovdje su započeli restauratorski radovi. Trenutno na službu sa zadovoljstvom dolaze vjernici iz reda bolesnika i medicinskog osoblja.
Crkva Svetog Sergeja Radonješkog
Ovo je najmlađa crkva u Tomsku. Osnivač crkve je G. I. Trigorlov, direktor fabrike za impregnaciju pragova. Ugledavši jednu od kapela u Jaroslavlju, toliko se oduševio njenom bojom da je krenuo u izgradnju iste crkve u svom rodnom gradu. Po ličnom projektu G. I. Trigorlova, hram je izgrađen i osvećen 1997. godine.
Epiphany Cathedral
U početku, 1630. godine, to je bila mala crkva Bogojavljenja. Status katedrale dobila je mnogo kasnije. Crkva brvnara je često stradala od požara, ali je svaki put obnavljana. Godine 1777. odlučeno je da se na mjestu stare drvene zgrade sagradi moderna kamena zgrada. 30-ih godina hram je zatvoren, a unutar njegovih zidova nalazila se fabrika obuće. Zgrada je vraćena u posjed 1997. godine. Ruske pravoslavne crkve i započeli radove na njenoj obnovi.
